sa zaoberá chovaním populácií v krajine s priestorovo rozdelenými biotopmi, v ktorých prežívajú čiastkové subpopulácie. Ako indikačné monitorovacie charakteristiky využíva základné demografické prejavy každej populácie (natalita, mortalita, migralita, atď.). Za mimoriadne dôležitú považuje komunikáciu medzi subpopuláciami a možnosť nahradenia lokálne vyhynutých subpopulácií imigráciou. Z poznatkov a výsledkov metapopulačnej teórie vyplynula požiadavka zachovať, alebo obnoviť vzájomné prepojenie prírodných prvkov v antropogénne využívanej krajine. Metapopulačná teória tvorí východisko pre koncepcie →ekologických sietí.